Setelah di berlakukannya Peraturan Mahkamah Agung RI Nomor 7 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan, maka struktur organisasi Pengadilan Agama Pangkajene yang sebelumnya jabatan Panitera dan Sekretaris dijabat oleh satu orang pejabat. Setelah diberlakukannya PERMA RI No. 7 Tahun 2015 tersebut jabatan Panitera dan Sekretaris dipisahkan, sebagai berikut :
